Né à Saint-Aignan-sur-Cher (Loir-et-Cher) en 1959.
 
Malentendant de naissance, Bouchet ne fréquentera jamais l'école primaire. Sa mère lui enseigne à la maison la lecture et l’écriture.

De 1976 à 1979, il fréquente l’Ecole des Beaux-Arts de Toulouse, Bordeaux et Paris. Diplôme en poche, s’il se préoccupe d’esthétique, il n’en conserve pas moins un regard critique sur la société.

Il s’installe à Berlin-Ouest un 24 décembre 1980. À partir d'avril 1984 il commence avec Thierry Noir à peindre le mur de Berlin (Mariannenplatz, Potsdamerplatz, Checkpoint Charlie). « Nous ne voulions pas embellir le mur, c’était plutôt une réaction physique contre la vie inhumaine près du rideau de fer. » Il y laissera une mémoire picturale indélébile, comme peu d'artistes avant lui.

Le 4 juillet 1986, il peint à Checkpoint Charlie, toujours avec Thierry Noir, 42 statues de la Liberté pour célébrer le 100e anniversaire de l’installation à New York de la statue de Bartholdi.

Son approche décalée de la peinture et la spontanéité de ses créations berlinoises ont fait de lui un avant-gardiste de l’art de la rue.

Il est aussi en 1987, le premier peintre de l'histoire du Mur de Berlin a l'avoir peint du côté Est en vidant de la peinture par une fissure qu'il a pu y effectuer.

Christophe-Emmanuel Bouchet se partage entre son atelier de Düsseldorf et celui de Chenonceau dont il a racheté l’ancienne gare pour la transformer en œuvre d’art à part entière. 

Il se désigne lui-même comme « citoyen du monde ».